Havupuumetsiä lahottavan juurikäävän leviämistä ehkäistään kantokäsittelyllä ja ajoittamalla hakkuut sopivasti. Mikäli laho kuitenkin iskee, apu voi löytyä saartamisesta, sekametsistä tai puulajivaihdosta.
Juurikääpää on torjuttu Suomessa harmaaorvakka-sientä sisältävän Rotstopin avulla vuodesta 1992. Valmisteen torjuntaprosentti on hyvä mutta markkinaosuus tällä hetkellä pieni.
Ukrainan sota on hankaloittanut juurikäävän torjunnassa käytetyn urean saantia. Kantokäsittelyn poisjättämisestä voi seurata pulmia, erikoistutkija Tuula Piri sanoo.